-As riquezas naturais presentes nas cidades de Ubatuba, Caraguá, São Sebastião e Ilhabela que movimentam o turismo ecológico e atraem todos os anos milhares de visitantes, estão seriamente comprometidas pelos danos irreversíveis que serão causados.

- A ampliação tende a promover fluxo migratório para a região, gerando sobrecarga de serviços de atendimentos, que a região não irá comportar. Abastecimento de água, saneamento básico, trânsito, acessa a educação e a saúde pública são alguns exemplos que podem ser citados. A grande demanda de moradias também irá resultar na ocupação de áreas ambientais frágeis e verticalização das cidades.

- O maior fluxo de navios traz um inegável e expressivo aumento de risco de acidentes com altíssimo potencial de danos ao meio ambiente. Estima-se crescimento de 2008 a 2035 de 69 para 1.477 embarcações por ano, sem contar com acidentes rodoviários pelo aumento do tráfego de cargas e veículos.

- ao final da obra, o porto de São Sebastião terá dimensões maiores que o centro do município e ira estreitar consideravelmente o leito navegável do canal de São Sebastião e Ilhabela. Além disso, o maior tráfego de embarcações irá aumentar riscos de acidentes e prejudicarão as condições de vento, o que ira influenciar a pratica de esportes náuticos como, vela oceânica, kitesurf, windsurfe, canoagem e stand up peddle, esportes que crescem na região e atraem muitos praticantes em todas as épocas do ano. Isso impossibilitara a realização de eventos tradicionais e importantes, como o mês de Vela de Ilhabela.