Em 4 de março de 1916, o navio se dirigia ao porto de Santos, fazendo sua sexta viagem à América do Sul. Levava oficialmente 588 pessoas entre passageiros e tripulantes. Entre as cargas importantes, o navio levava 12 estátuas de bronze (que fariam parte do monumento La Carta Magna y las Cuatro Regiones Argentinas, em Buenos Aires), um suposto Renault 35 HP e uma suposta quantia de 40 000 libras em ouro. Foi realizado um baile no navio devido à festa de carnaval, tanto na Espanha (Carnaval de Cádis) quanto no Brasil. No entanto, uma forte tempestade afetava o navio, causando neblina e uma forte chuva, o que diminuiu a visibilidade. Por precaução, o capitão baixou a velocidade. O navio também alterou a sua rota, passando entre as ilhas de Vitória e Búzios (na rota original o navio passaria direto por Ilhabela, à uma certa distância).
Ninguém sabe o motivo exato da alteração na rota. Os oficiais disseram que era para organizar a carga que desceria em Santos. Outros, no entanto, acreditam que eles desceriam todo os dinheiro do navio em Búzios e afundar o navio propositalmente, já que ninguém encontrou o dinheiro nos destroços. A versão oficial é que a magnetização atípica da Ponta Pirabura teria mudado a direção da bússola.
Cerca das 04 horas, muitos já estavam dormindo, muitos por cansaço por causa do baile. Às 04h10 da noite, o capitão José Lotina tentou retomar a rota original, rumando à sul, porém devido neblina, ele não sabia que o navio estava se aproximando demais da terra, nem os oficiais sabiam, pois não enxergar o Farol da Ponta do Boi.
Às 04h15, a Proa bateu violentamente nos recifes submersos da Ponta da Pirabura e um buraco de cerca de 40 metros foi aberto no casco. Os porões se encheram de água rapidamente. A água logo inundou a casa das caldeiras, e ocorreu uma explosão, esta danificou o gerador e deixou o paquete no escuro. Sem eletricidade, o telegrafista não pôde mandar o pedido de socorro. Os passageiros são acordados com o impacto, mas poucos conseguiram subir ao convés de botes, na verdade, os passageiros que tinha cabines perto dos conveses inferiores morreram em suas cabines. Dois minutos depois da colisão, a proa já estava submersa. Com o navio quase todo "empinado" e adernando para estibordo, o trabalho de baixar os botes foi impossível (apesar do bote salva-vidas nº1 ter sido jogado no mar pelos passageiros). A proa bate no fundo do mar e depois o navio, já adernado, emborcou, afundando segundos depois. Toda a tragédia aconteceu em 5 minutos.
Oficialmente, 143 pessoas sobreviveram e 445 morreram.
O Bote nº1, que foi jogado no mar pelos passageiros, partiu rumo à costa, com apenas 20 pessoas. No entanto, depois resgataram 123 passageiros e tripulantes, entre eles, o brasileiro José Martins Viana, que estudava Engenharia e fugia da Guerra na Europa. O cargueiro francês Vega resgatou os sobreviventes e os levou até Montevidéu).
O número real de passageiros
Apesar de na lista de passageiros ter 588 passageiros, há suspeitas de cerca de 800 imigrantes clandestinos espremidos nos porões do navio, fugindo da Guerra de 14. Assim o número iria subir para 1388 pessoas. Como não se sabem se algum desses imigrantes sobreviveram, o número seria elevado para 1245 mortos.
Como na época não era costume registrar a terceira classe e/ou os trabalhadores dos porões (como os foguistas, graxeiros, etc.) esses passageiros são desconhecidos.